보조사업 참여제한(수행배제) 처분, 기간과 다투는 방법
정부 지원사업을 주된 매출로 삼는 회사에 참여제한 처분은 환수보다 무거울 수 있습니다. 국고보조금을 거짓이나 부정한 방법으로 받는 등의 사유가 있으면 보조금법 제31조의2에 따라 5년 이내의 범위에서 보조사업 수행에서 배제되거나 보조금 교부·지급이 제한될 수 있고, 국가연구개발사업은 국가연구개발혁신법에 따라 최대 10년까지 참여가 제한됩니다. 처분이 나오면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 행정심판이나 취소소송을 제기할 수 있고, 사업이 멈추는 것을 막으려면 집행정지를 함께 신청해야 합니다.
참여제한은 어떤 법에 근거하나요?
보조금법 제31조의2는 보조사업자와 보조금수령자를 대상으로 5년 이내의 범위에서 수행 배제나 교부·지급 제한을 정합니다. 국가연구개발사업에서는 국가연구개발혁신법 제32조가 연구개발비 부정사용 등에 대해 10년 이내의 참여제한을 정하고 있습니다. 자세한 절차는 국가연구개발비 제재 글에 썼습니다.
법률 외에 사업별 지침이 기간을 정해 두기도 합니다. 예를 들어 고용노동부의 2025년 청년일자리도약장려금 지침은 부정수급 사업장에 대해 3년간 고용노동부 사업 참여를 제한한다고 정하고 있습니다.
왜 다른 부처 사업까지 막히나요?
보조금법상 수행 배제나 지급 제한을 한 기관은 그 사실을 관계 중앙관서에 통보하고, 통보를 받은 기관도 같은 기간 동안 같은 조치를 하게 되어 있습니다. 그래서 한 사업에서 받은 처분 때문에 회사가 신청하려던 다른 부처 사업까지 막힐 수 있습니다. 수행 배제 대상자의 명단이 공표될 수도 있습니다.
기간은 어떻게 정해지나요?
법률은 상한만 정하고, 구체적인 기간은 시행령과 지침의 기준, 위반의 정도에 따라 정해집니다. 국가연구개발혁신법은 제재사유의 중대성, 고의 여부, 위반 횟수, 연구개발과제의 수행 단계와 진행 정도를 고려하도록 합니다. 그래서 기간을 다툴 때는 처음 적발된 것인지, 고의가 아니라 착오였는지, 문제 된 금액이 전체 사업비에서 어느 정도 비율인지를 근거로 삼게 됩니다.
다만 청년일자리도약장려금처럼 지침이 기간을 3년으로 정해 둔 경우에는, 기간보다는 애초에 부정수급에 해당하는지를 주로 다투게 됩니다. 처분서에 적힌 제한 기간의 시작일도 확인해 두어야 합니다. 시작일에 따라 이미 신청한 사업이 제한 기간에 걸리는지가 달라지기 때문입니다.
처분 자체에 절차상 문제는 없나요?
처분한 기관이 권한을 가졌는지부터 볼 필요가 있습니다. 대법원은 청년 디지털 일자리 사업 지원금 사건에서, 지방고용노동청장이 자기 이름으로 5년간 보조금 지급을 제한하고 제재부가금을 부과한 처분을 위법하다고 보았습니다(2026. 1. 29. 선고 2024두60701 판결). 당시에는 이 사무가 보조금법 시행령의 위임 대상이 아니어서 내부 위임에 불과했다는 것입니다.
그 뒤 2024. 11. 5. 개정된 보조금법 시행령은 지급 제한과 제재부가금 부과를 소속기관 등에 위임할 근거를 마련했습니다. 그렇더라도 지금 받은 처분이라면 해당 부처가 위임 고시를 두었는지, 처분서가 누구 명의로 나왔는지, 사전통지를 거쳤는지 확인해 보아야 합니다.
참여제한 처분은 어떻게 다투나요?
다투는 절차는 처분 전과 처분 후로 나누어 보아야 합니다.
- 국가연구개발사업이라면 처분이 확정되기 전 단계에서, 제재처분 사전통지를 받은 날부터 20일 이내에 재검토를 요청할 수 있습니다(국가연구개발혁신법 제33조). 보조금법도 별도의 이의신청 규정(제37조)을 두고 있습니다.
- 처분이 나온 뒤에는 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 행정심판이나 취소소송을 제기해야 합니다(행정소송법 제20조).
- 소송을 내도 처분은 그대로 효력을 가지므로 집행정지를 함께 신청합니다(행정소송법 제23조). 참여제한은 신규 사업 신청과 선정이 막히는 처분이어서, 사업이 멈추면서 생기는 손해를 구체적으로 소명하면 집행정지가 받아들여질 여지가 있습니다.
처분 통지를 받았다면 무엇부터 해야 하나요?
처분서나 사전통지서를 받았다면 받은 날짜부터 확인해 두십시오. 재검토 요청이나 이의신청 기간은 소송 기한보다 짧을 수 있으므로, 처분이 있음을 안 날부터 90일인 소송 기한과 함께 달력에 표시해 두어야 합니다. 처분서와 사전통지서, 진행 중이거나 신청할 예정인 정부 사업의 공고와 계약 서류도 한곳에 모아 두시는 것이 좋습니다.
그다음 판단, 곧 처분 사유 자체를 다툴지 기간을 다툴지, 처분청 권한이나 절차 문제를 내세울지, 집행정지를 함께 구할지는 처분서와 조사 기록을 함께 보고 정할 일입니다(절차는 취소소송과 집행정지 글 참고). 이 선택이 환수와 다른 부처 사업에까지 이어지므로, 재검토 요청이나 소송을 내기 전에 한 번 상의해 보시기 바랍니다.
참고: 보조금 관리에 관한 법률 제31조의2·제37조, 국가연구개발혁신법 제32조·제33조, 행정소송법 제20조·제23조(법제처 국가법령정보센터), 대법원 2026. 1. 29. 선고 2024두60701 판결, 법무법인(유한) 세종 뉴스레터(2026. 2. 26.), 한국환경공단 「국고보조금 부정수급 예방 가이드북」(2025. 11.), 고용노동부 2025년 청년일자리도약장려금 지침.
이 글은 일반적인 내용을 정리한 것으로, 같은 법이라도 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 참고용으로만 보시고, 구체적인 사건은 상담을 통해 확인하시기 바랍니다.